Il s'agit d'une hypothèse commune que des systèmes hydroponiques agricoles qui sont pour la plupart enfermés sont exempts d'insectes nuisibles et autre maladie causant des organismes. Ce n'est cependant pas vrai. En raison de l'absence de contrôles environnementaux naturels systèmes hydroponiques peuvent être infectés par des populations d'organismes nuisibles qui peuvent se propager très rapidement sinon immédiatement l'attention.
Tétranyques sont les nuisances courantes qui poussent sur les plantes dans le sol des systèmes moins. De plus en plus sur le revers des feuilles, qu'ils peuvent commencer à infecter les plantes passent inaperçues. Pour éviter que les acarides d'araignée encore une fois de plus en plus, pulvériser les feuilles avec une solution d'huile de romarin ou de pesticides à base d'huile de romarin est recommandé et sont donc axées sur la pyréthrine vaporisateurs (extrait de fleur de chrysanthème).
Pyrethrinsprays ont très peu d'effet sur la qualité de la saveur des fruits et des légumes mais les tétranyques peuvent acquérir une résistance à elle si fréquemment utilisé. Huiles de neem permet également de contrôler les tétranyques bien qu'ils doivent être pulvérisés sur les plantes avant la fructification ou la floraison commence depuis la saveur du fruit en voie de développement peut-être être affectée.
Autres types d'organismes nuisibles aux végétaux, comme les champignons peuvent causer des dommages aux plantes dans des systèmes hydroponiques ainsi. Un remède tout usage de l'eau, de bicarbonate de soude, de jus de citron et d'une quantité très minime de détergent à vaisselle pulvérisé sur les parties atteintes de plantes s'est avéré pour être efficace. Lorsque vous utilisez cette solution, il est important de s'assurer que toutes les zones ouvertes à la solution nutritive sont correctement couvert afin que les bulles de savon ne développent pas sur la solution nutritive. Une autre approche polyvalente pour contrôle des phytoravageurs est la bouillie bordelaise qui est composé de sulfate de cuivre et de chaux au sol. Cette solution éprouvée depuis plus d'un siècle à contrôler efficacement la croissance fongique cependant n'est pas très organique.
Une autre approche pour plant disease control qui est idéal pour une utilisation dans des systèmes hydroponiques est connue comme tueur de champignon biologique qui est fondamentalement l'utilisation de d'origine naturelle et non modifiées des bactéries et des champignons pour attacher l'infestation de la plante. Cette méthode est efficace de quatre façons. Biofongicides attaquent provoquant des organismes en produisant des composés chimiques qui interfèrent avec la maladie et finira par tuent l'organisme pathogène.
Biofongicides peut également consommer de la nourriture des ravageurs ou utiliser son espace de vie pour éradiquer complètement l'organisme nuisible. Ceux-ci peuvent également vous abonner directement sur le champignon ou parasite, l'utiliser comme un hôte. Enfin, les biofongicides peuvent produire des antibiotiques naturels qui peuvent élever la capacité de la plante à résister aux maladies. Ces organismes de champignon-mort naturelles sont plus sûr et plus stable quand il s'agit de stockage par rapport aux produits chimiques toxiques. Ils ne sont pas toxiques pour les plantes trop malgré une utilisation répétée. Ces produits chimiques ont cependant leurs inconvénients aussi bien. Les organismes ont un éventail plus restreint de la cible, nécessitent plus de préparation avant des utiliser et ont une durée de vie plus courte par rapport aux produits chimiques.